Die meisten sichtbaren Überreste datieren aus dem 10ten bis 12ten Jahrhundert, die früheren Gebäude aus Holz u. Lehm haben nur sehr wenige Spuren hinterlassen. Die Mönche lebten wahrscheinlich in Hütten um das Gelände herum. 1179 sollen hier 106 Häuser und 13 Kirchen gestanden haben. Clonmacnoise wurde aufgrund seiner Reichtümer häufig überfallen und geplündert, nicht nur von Vikingern, die den Fluß herunterkamen, sondern auch von Irischen Truppen.